Největší bída postihla Kolín v době třicetileté války, kdy byl Kolín ležící na důležité komunikační tepně neustále obléhán a drancován. To nejhorší, mělo ale přijít. Po bitvě na Bílé Hoře město ztratilo veškerá privilegia, práva a trpělo násilnou protireformací. Většina rodin raději odešla z města a zachránila se
před skoro jasnou smrtí. Třicetiletá
válka dovedla Kolín na pokraj záhuby a z velké části byl Kolín zničen. K tomuto se ještě přidávali časté požáry a loupení, které bylo na denním pořádku. V roce 1639 do Kolína vpadli švédové a vše bylo snad ještě horší. O 3 roky později tedy v roku 1642 byl
Kolínský chrám, svatého Bartoloměje, který byl postaven Petrem Parléřem přibližně o 300 let dříve byl z velké části vyloupen a poškozen. Na konci třicetileté války bylo v Kolíně kolem 1300 lidí, až za dalších 10 let se do Kolína začali znovu stěhovat lidé ve větším počtu.